Wetterburg wird erstmals 1321 erwähnt. Bereits 1306 baute Graf Heinrich IV. zu Waldeck hier eine Burg, die 1346 von Köln besetzt wurde und in der Geschichte des Ortes die dominierende Rolle spielte. 1381 kam es zur Verpfändung der Burg an Dietrich von Dalwigh, sie ging dann als Mitgift an Friedrich von Runst, von ihm an die von Godenberg, und 1450 wurde sie an Ritter Werner von Elben verpfändet. In seiner Fehde mit den waldeckschen Grafen verlor er die Burg an den Grafen Wolrad I. 1510 wurde sie an Friedrich von Twiste verpfändet, nachdem sie seit 1460 Sitz eines waldeckschen Amtes war. Ab 1730 verband man sie mit dem Amt in Landau. Ende des 18. Jh. kam es zu einer Verbindung mit dem Amt in Rhoden. Das Wohnhaus und das Schloß wurden 1576 errichtet, 1663 durch Brand zerstört und wieder hergestellt. Es diente 1713 als Witwensitz der Gräfin Johanette. Die Burg selbst existiert heute nicht mehr. Das Wohnhaus aber ist erhalten und konnte in den 80-iger Jahren restauriert werden und beherbergt heute ein gemütliches Restaurant. 1537 zählte das Dorf 21, Anfang des 19. Jh. 39 Wohnhäuser. Wetterburg diente als Sitz eines Bauerngerichts und gehörte zum Freistuhl Mengeringhausen.
Die Kirche stammt von 1654. Chorraum und Westturm der Kirche stammen aus dem Jahr 1893, finanziert zum großen
Teil von Königin Emma aus den Niederlanden und dem Verkauf von Liederblättern des „Waldecker Liedes“ von Pastor Koch.
Im 18. Jh. besaß Wetterburg eine eigene Pfarrei, die 1980 aufgehoben wurde. Das Patronat hatten die Fürsten zu Waldeck. 1953 hatte man die Kirche notdürftig renoviert. Umfassende Renovierungen erfolgten 1978, Anfang der 2000 Jahre und 2012.
Wetterburg hat noch etliche landwirtschaftliche Betriebe.
Wetterburg hat ab 1980 einen großen Strukturwandel erfahren. Der Twistestausee, Anfang der 80-iger Jahre vollendet, zog von Jahr zu Jahr mehr Urlauber an. Die meisten Wetterburger stellten sich auf diesen Trend ein. Im ganzen Ort wurden die Häuser renoviert. Heute erinnert nichts mehr an ein ursprüngliches Bauerndorf. Ferienwohnungen, Pensionen und über 80 neu erbaute Ferienhäuser am Twistesee ließen Wetterburg zum liebenswerten Feriengebiet. Gaststätten, Wasserski, Ausdauersport, Golfplatz, Triathlon, etc. sind zusätzliche Publikumsmagnete.
Die Kirchengemeinde errichtete in den 80ziger Jahren im Ort ein großzügiges Gemeindehaus (Martin-Luther-Haus), das nun eine evangelische Kindertagesstätte ist.